“วัดบุปผาราม” เดิมเป็นวัดโบราณซึ่งสร้างมาแต่ครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า “วัดดอกไม้” ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ต่อมาเป็นวัดร้าง ในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ซึ่งเป็นมารดาของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ได้ทำการปฏิสังขรณ์เนื่องจากเป็นวัดที่อยู่ใกล้บ้านของท่าน ต่อมาปลายสมัยรัชกาลที่ ๓ พ.ศ. ๒๓๙๑ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ในการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดครั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ด้วย แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดบุปผาราม”

ดังมีปรากฏในทำเนียบพระอารามหลวงว่า “วัดบุปผาราม พระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร อยู่ริมคลองวัดบุปผาราม กิ่งอำเภอบุปผาราม จังหวัดธนบุรี เดิมชื่อว่าวัดดอกไม้ เป็นวัดโบราณ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ช่วยกันสร้างเป็นสามส่วน พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามใหม่ว่าวัดบุปผาราม ต่อมาเจ้าพระยาภานุวงศ์ได้ปฏิสังขรณ์”

เมื่อปฏิสังขรณ์เรียบร้อยแล้ว สมเด็จเจ้าพระยา ฯ ได้กราบทูลของคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายจากพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ครั้งยังทรงผนวชอยู่) ไปครองวัด แล้วถวายเป็นพระอารามหลวง คณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานครั้งนั้น มีพระอมรโมลี (นพ พุทธิสัณหเถระ) เป็นประธานสงฆ์

จากนั้นเจ้าพระยาภาณุวงศ์ (ท้วม บุนนาค) และกุลทายาทสกุลบุนนาค ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ต่อมา สำหรับการประกอบพิธีผูกพัทธสีมานั้น สันนิษฐานว่าคงจะมีในปลายรัชกาลที่ ๓ เมื่อสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ปฏิสังขรณ์วัดนี้นั้นปรากฏหลักฐานว่า ท่านได้สร้างถาวรวัตถุสำคัญ ๆ ของวัดขึ้น คือพระอุโบสถ พระวิหาร ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ ๒ ชั้นและชั้นเดียว รวมทั้งกำแพงวัดด้วย เมื่อพิจารณาจากถาวรวัตถุที่สร้างขึ้น จะเห็นได้ว่าวัดนี้สร้างขึ้นใหม่ทั้งหมด เพราะของเก่าทรุดโทรมมากจนเกินที่จะปฏิสังขรณ์ของเก่าได้ เนื่องจากร้างมานาน วัดนี้ท่านผู้ใหญ่ในราชการเป็นผู้บูรณะปฏิสังขรณ์ จึงมีกำลังในการทะนุบำรุงวัดเป็นอย่างดี

ในช่วงมหาสงคราโลกครั้งที่ ๒ เมื่อวันที่ ๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๘๗ วัดบุปผารามถูกระเบิดทำลาย ทำให้พระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ และกำแพงวัด ได้รับความเสียหายยากแก่การซ่อมแซม พระธรรมวราลังการ (กล่อม อนุภาสเถระ) ซึ่งดำรงเจ้าอาวาสในขณะนั้น ดำเนินการก่อสร้างพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎี และกำแพงวัดขึ้นมาใหม่ ที่เห็นได้ชัดเจนคือหน้าบันพระอุโบสถ เป็นรูปตรามหาสุริยมณฑล ซุ้มและบานประตูหน้าต่าง เป็นรูปทรงมหาพิชัยมงกุฎ และตราบัวแก้ว เมื่อก่อสร้างพระอุโบสถใหม่เสร็จเรียบร้อยแล้ว ทางวัดได้ประกอบพิธีผูกพัทธสีมา เนื่องจากย้ายสถานที่ก่อสร้างจากที่เดิม พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลเดช และสมเด็จพระนางเจ้า ฯ พระบรมราชินีนาถ ได้เสด็จทรงเป็นประธานในพิธีผูกพัทธสีมา เมื่อวันที่ ๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๐๗ ถาวรวัตถุที่ก่อสร้างขึ้นเมื่อครั้งสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ได้บูรณะปฏิสังขรณ์นั้น ที่เหลืออยู่ในปัจจุบันนี้คือ “พระวิหาร”   

{ พระอุโบสถ }
ผู้ออกแบบคือ หลวงวิศาลศิลปกรรม (เชื้อ ปัทมจินดา) มีขนาดยาว 27 เมตร กว้าง 14 เมตร ประดับช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบัน ตรงกลางเป็นรูปตรามหาสุริยมณฑลแบบไทย คือตราราชสีห์เทียมรถ ซึ่งเป็นตราประจำตัวของ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาสุริยวงศ์ ถัดมาเป็นรูปพระพุทธเจ้า 5 พระองค์ พื้นประดับกระจกสี ซุ้มประตูหน้าต่างเป็นซุ้มทรงมหาพิชัยมงกุฎ เป็นสัญลักษณ์ในรัชกาลที่ 4 บานประตู้หน้าต่างไม้สัก ด้านนอกติดแผ่นทองแดงลายแกะสลักดุนปิดทองพื้นลายดอกพุดตาน ช่วงบนเป็นลายตราพระมหาพิชัยมงกุฎ ช่วงกลางเป็นลายตราบัวแก้ว ช่วงล่างเป็นลายเครื่องอิสริยยศของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาสุริยวงศ์และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ หลังอุโบสถติดแผ่นทองแดงสลักดุตเรื่องมหาเวสสันดรชาดกทั้ง 13 กัณฑ์ ภายในประดิษฐานพระประธานปางมารวิชัย ลงรักปิดทอง ที่ฐานชั้นล่างมีรูปพระอัครสาวก (พระสารีบุตรและพระโมคคัลลานะ) เป็นพระหล่อ ลงรักปิดทอง นั่งพับเพียบประนมมือบนแท่งต่ำอยู่ข้างซ้ายข้างขวาของพระประธาน   
{ พระพุทธวรนาถ }
พระประธานในพระอุโบสถ เป็นพระพุทธรูปโบราณปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๑.๑๕ เมตร สูงถึงยอดพระรัศมี ๑.๗๕ เมตร ลงรักปิดทอง ที่ฐานชั้นล่างมีรูปพระอัครสาวก (พระสารีบุตรและพระโมคคัลลานะ) เป็นพระหล่อลงรักปิดทอง นั่งพับเพียบประนมมือบนแท่งต่ำอยู่ข้างซ้ายข้างขวาของพระประธาน   
{ พระวิหาร }
เป็นถาวรวัตถุแห่งเดียวในวัดที่ยังคงหลงเหลือ มีลักษณะสถาปัตยกรรมประยุกต์ผสมไทยจีน อันเป็นพระราชนิยมในรัชกาลที่ 3 มีตรามหาสุริยมณฑลแบบไทย (ราชสีห์เทียมรถ) อยู่ตรงกลางซุ้มประตูหน้าต่างเป็นลายปูนป้นปิดทอง ประดับกระจกสีรูปดอกพุดตาน มีตรามหาสุริยมณฑลแบบไทยเทิดมหาพิชยัมงกุฎอยู่ตรงกลาง ภายในวิหารเขียนภาพจิตรกรรมฝาผนังเรื่องพระพุทธประวัติ พระประธานเป็นพระปางมารวิชัย แบบพระพุทธชินราช มีพาไลและระเบียงล้อมมรอบพระวิหาร พาไลเขียนสีลายรดน้า ปิดทอง ระเบียงปูหินอ่อน   
{ หลวงพ่อบุปผา }
พระประธานในพระวิหารเป็นพระรูปปางมารวิชัย แบบพระพุทธชินราช หน้าตักกว้าง ๑.๑๒ เมตร สูงถึงยอดพระรัศมี ๑.๕๕ เมตร   
{ ศาลาการเปรียญ }
สร้างใหม่พร้อมอุโบสถ มีชื่อศาลาว่า ศาลาสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ มีลักษณะสถาปัตยกรรมทรงไทย มีประดับ ช่อฟ้า ใบระกา หางหงส์ หน้าบัน เป็นรูปตรามหาสุริยมณฑลแบบฝรั่ง คือรูปอาทิตย์มีรูปหน้าคนอยู่ตรงกลาง ทาสีทอง พื้นสีขาว ภายในศาลาประดิษฐานพระประธาน ปางมารวิชัยแบบพระพุทธชินราช   
{ พระพุทธวัฒนศักดิ์ }
พระประธานในศาลาสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย แบบพระพุทธชินราช หน้าตักกว้าง ๑.๐๐ เมตร สูงถึงยอดพระรัศมี ๑.๓๒ เมตร
เจ้าจอมเลียม ในรัชกาลที่ ๕ สร้างอุทิศเจ้าพระยาสุรวงศ์วัฒนศักดิ์ (โต บุนนาค) ผู้เป็นพ่อ   
{ พระนิรันตราย }
พระนิรันตราย องค์เดิมเป็นพระพุทธรูปทองคำหนัก ๔ ตำลึง ได้มีผู้ขุดพบแล้วนำขึ้นทูลเกล้าถวายพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดให้อัญเชิญพระพุทธรูปองค์นี้ประดิษฐาน ณ หอเสถียรธรรมปริวัตร พร้อมด้วยพระพุทธรูปทองคำองค์เล็ก
ต่อมา ปีพุทธศักราช ๒๔๐๓ ได้มีคนร้ายเข้าไปขโมยเอาพระกริ่งทองคำองค์ไปเสีย พระองค์ทรงพระราชดำริว่า พระพุทธรูปทองคำองค์ใหญ่ได้แคล้วคลาดพ้นอันตราย ๒ คราว คือ ผู้ที่ขุดได้ก็มิได้ทำอันตราย
ขโมยเข้ามาก็ไม่เอาไป นับว่ามีความอัศจรรย์ยิ่ง จึงทรงถวายพระนามว่า "พระนิรันตราย" และทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ ให้ช่างหล่อพระพุทธรูปแบบนั่งขัดสมาธิเพชร มีหน้าตักกว้าง ๕ นิ้วครึ่ง หล่อด้วยทองคำสรวมองค์เดิมอีกชั้นหนึ่ง และทรงโปรดให้หล่อจำลองด้วยเงินบริสุทธิ์อีกองค์หนึ่งประดิษฐานไว้คู่กัน
ทรงมีพระราชศรัทธาเลื่อมใสพระนิรันตรายมาก ได้ทรงพระกรุณาโปรดฯให้หล่อพระพุทธรูป "พระนิรันตราย" จำลองเท่าองค์จริง เมื่อปีพุทธศักราช ๒๔๑๑ ด้วยทองเหลือจำนวน ๑๘ องค์ เท่ากับเวลาที่เสด็จขึ้นครองราชสมบัติ มีพระราชประสงค์จะก้าไหล่ทองและนำไปถวายวัดธรรมยุติกนิกาย และจะหล่อในวันเฉลิมพระชนมพรรษาเพิ่มขึ้นปีละองค์ทุกปี แต่ยังไม่ทันได้ก้าไหล่ทอง พระองค์เสด็จสวรรคต พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ จึงโปรดให้ก้าไหล่ทอง แล้วถวายไปยังพระรามธรรมยุติกนิกาย ดังพระราชประสงค์ของพระบรมชนกนาถ พระนิรันตรายเป็นพระพุทธรูปสำคัญที่ได้โปรดให้อัญเชิญมาในพระราชพิธีต่าง ๆ มี พระราชพิธีสัมพัจฉรฉินท์ เป็นต้น   
{ หลวงพ่อดำ }
พระเศียรพระพุทธรูปทำด้วยศิลาทรายแดง สมัยกรุงศรีอยุธยา หน้าตักกว้างประมาณ ๓.๐๐ เมตร ประดิษฐานอยู่ที่วิหารคด พระเศียรพระพุทธรูปนี้ บรรจุอยู่ภายในพระเจดีย์หลังพระวิหาร เมื่อสงครามโลกครั้งที่ ๒ พระเจดีย์ถูกระเบิด ทางวัดได้ทำการรื้อพระเจดีย์จึงได้พบพระเศียรพระพุทธรูปดังกล่าว