พระพุทธเจ้า ได้ตรัสกับพระอานนท์ว่า “ดูกรอานนท์ โดยกาลล่วงไปแห่งเรา ถ้าสงฆ์ต้องการ ก็ จงถอนสิกขาบทเล็กน้อยเสียบ้างก็ได้” (มหาปรินิพพานสูตร 10/141) ทำให้เกิดมีปัญหาว่าแค่ไหนเรียกว่าเล็กน้อยเป็นเหตุให้ภิกษุบางรูปไม่เห็นด้วยและไม่ยอมรับสังคายนามาตั้งแต่ครั้งแรก และเหตุการณ์เช่นนี้ก็เกิดขึ้นกับหลายสังคายนา มีกลุ่มแยกตัวทำสังคายนาต่างหาก เป็นการ แตกแยกทางความคิดและนิกาย แต่ไม่ควรถือว่าเป็นการแบ่งแยกศาสนาแต่ประการใดไม่อาจกำหนดได้แน่ชัดว่า พุทธศาสนามหายานกำเนิดขึ้นตั้งแต่เมื่อใด แต่ที่แน่ชัด คือพระเจ้ากนิษกะ มหาราช กษัตริย์องค์ที่ 7 แห่งราชวงศ์กุษาณะ ทรงเป็นเอกอัครศาสนูปถัมภกองค์แรกของ มหายาน ทรงปลูกฝังพระพุทธศาสนามหายานลงมั่นคงในราชอาณาจักร และทรงส่งพระธรรม ทูตออกเผยแพร่ไปยังนานาประเทศ

   คณาจารย์ผู้วางรากฐานของมหายานอย่างชัดเจน ได้แก่ พระอัศวโฆษ พระนาคารชุน พระอารยะเทวะ พระวสุพันธุ พระธรรมกีรติ ศานตรักษิตะ โดยเฉพาะคุรุนาคารชุน(ราว ค.ศ 1) คณาจารย์องค์สำคัญที่สุดผู้ทำให้มหายานทรงอิทธิพลและ รุ่งเรืองที่สุดของพระพุทธศาสนาในพุทธศตวรรษที่ 6-10 มหายานมิได้ปฏิเสธพระไตรปิฎกหากแต่ถือว่ายังไม่พอ เนื่องจากเกิดสำนึกร่วมขึ้นมาว่านามและรูปของพระพุทธเจ้าเป็นโลกุ ตระไม่อาจดับสูญ สิ่งที่ดับสูญเป็นเพียงภาพมายา ธรรมกายอันเป็นธาตุพุทธะยังคงอยู่ต่อไป สรรพสัตว์ทั้งหลายเกิดมาพร้อมธาตุพุทธะหากแต่กิเลสอวิชชาได้บดบังธาตุพุทธะจึงไม่ปรากฏ ด้วยมุมมองที่ว่าสรรพสัตว์เป็นพุทธะสรรพสัตว์ทั้งปวงปารถนาที่จะไม่เกิดมาพบกับความทุกข์ ที่ต้องเกิดเพราะกรรมที่ได้สะสมไว้มนุษย์ผู้โชดดีมีภูมิความรู้ในการรู้แจ้งต้องเมตตาส่งเสริม ให้สรรพสัตว์ที่โชคดีน้อยกว่าให้ไปสู่ความรู้แจ้ง ผู้ที่กระทำการเช่นนั้น คือพระโพธิสัตว์ นั่นคือ ชาวพุทธมหายานต้องเดินแนวทางโพธิสัตว์มรรค เพิ่มเติมจากการเดินในแนวอริยะมรรคเพียงอย่างเดียว คำสอนของของพระโพธิสัตว์ถือเป็นพระไตรปิฎกที่ 2 ที่ต้องปฏิบัติด้วยการยอมรับ หรือศรัทธาต่อ พระโพธิสัตว์ไม่เท่ากัน ความสำนึกและการแสดงออกจึงต่างกัน ทำให้มหายานแตกเป็นนิกายต่างๆ มากมายในอินเดียมีประมาณ 4 นิกาย

1. นิกายศูนยวาทหรือมาธยมิก ผู้ก่อ ตั้งคือ คุรุนาคารชุน

2. นิกายวิชญานวาทหรือโยคาจาร ผู้ก่อตั้ง คือ ท่านไมตรีนาถ

3. นิกายจิต อมตวาท

4. นิกายพุทธตันตระหรือมนตรยานซึ่งต่อมาได้พัฒนาเป็นวัชระยาน

   ในประเทศจีน ระยะเวลาอันยาวนานกว่าทำให้มีนิกายแตกแขนงออกไปมากมาย เช่น นิกายสัทธรรมปุณทริก (เทียนไท้จง) นิกายเซ็นหรือฌาณ(เสี่ยมจง) นิกายอวตังสกะ(ฮั่วเงี่ยมจง) นิกายสุขาวดี(เจ่ง โท้วจง) นิกายตรีศาสตร์(ซาหลุ่งจง) นิกายธรรมลักษณะ(ฮวบเซี่ยงจง) นิกายวินัย(หลุกจง) นิกายมนตรยาน(มิกจง) แต่ทั้งนี้ก็มิได้หมายความว่าเกิดการแตกแยกศาสนา ด้วยว่าทุกนิกาย ก็คือพุทธศาสนามหายาน

ลัทธิมหายานถืออุดมคติ 3 ประการ คือ

1. หลักมหาปัญญา ในหลักการข้อนี้ ฝ่ายมหายานได้อธิบายหลักอนัตตาซึ่งเป็นคุณลักษณะ พิเศษในพุทธศาสนาออกไปอย่างกว้างขวางลึกซึ้งมากพิสดารยิ่งกว่าในฝ่ายเถรวาทมหายาน เรียกว่า ศูนย์ตา แทนคำว่า อนัตตา ในส่วนปฏิบัติของบุคคลทางฝ่ายมหายาน ถือว่าบุคคลจะ พ้นทุกข์ได้ ก็ด้วยการเข้าถึงศูนยตา ซึ่งมี 2 ชั้น คือ บุคคลศูนยตาและธรรมศูนยตา บุคคล ศูนยตาได้แก่การละอัสมิมานะซึ่งทำให้บุคคลบรรลุอรหันต์ส่วนธรรมศูนยตา ได้แก่การละ ความยึดถือแม้ในพระนิพพานซึ่งเป็นภูมิของพระโพธิสัตว์ชั้นสูง

2. หลักมหากรุณา ได้แก่การ ตั้งโพธิจิตมุ่งพุทธภูมิ ไม่มุ่งเพียงอรหันต์ภูมิ ในทัศนะมหายานเห็นว่าอรหันต์ภูมิช่วยคนได้น้อย เพราะฉะนั้นจึงควรมุ่งพุทธภูมิซึ่งในขณะที่ยังมิได้บรรลุต้องสร้างบารมีเพื่อช่วยสัตว์ ดังนั้น ทางฝ่ายมหายานจึงย่อทศบารมีลงเหลือ 6 คือ

2.1 ทานปารมิตา พระโพธิสัตว์จะต้องสละทรัพย์ อวัยวะและชีวิต เพื่อสัตว์โลกได้โดยไม่อาลัย

2.2 ศีลปารมิตา พระโพธิสัตว์ต้องรักษาศีลอันประกอบ ด้วยอินทรีย์สังวรศีล กุศลสังคหศีล ข้อ นี้ได้แก่การทำความดีสงเคราะห์สัตว์ทุกกรณี สัตวสังคหศีลคือการช่วยให้พ้นทุกข์

2.3 กษานติปารมิตา พระโพธิสัตว์ต้องสามารถอดทนต่อสิ่งกดดันเพื่อโปรดสัตว์ได้

2.4 วิริยปารมิตา พระโพธิสัตว์ไม่ย่อท้อต่อพุทธภูมิ ไม่รู้สึกเหนื่อย หน่ายระอาในการช่วยสัตว์

2.5 ธยานปารมิตา พระโพธิสัตว์จะต้องสำเร็จในฌานสมาบัติทุกชั้น มีจิตไม่คลอนแคลน เพราะเหตุอารมณ์

2.6 ปรัชญาปารมิตา พระโพธิสัตว์จะต้องทำให้แจ้งในปุคคลศูนยตาและ ธรรมศูนยตา

3. หลักมหาอุปาย คือพระโพธิสัตว์จะต้องประกอบด้วยกุศโลบายนานัปการ ในการช่วยเหลือ ปวงสัตว์ ต้องประกอบด้วยไหวพริบปฏิภาณในการเข้าถึงอธิมุติของปวงสัตว์เปรียบเหมือน นายแพทย์ผู้ฉลาดรู้จักวางยาให้ถูกโรคอาศัยข้อนี้แหละทางฝ่ายมหายานจึงได้เพิ่มเติมคติ ธรรมและพิธีการซึ่งไม่เคยมีในฝ่ายเถรวาทเข้ามามากมายโดยถือว่าสิ่งเหล่านี้เป็นเพียงอุบาย ชักจูงให้ผู้เขลาโน้มเอียงเข้ามาสู่สัจธรรมในเบื้องปลายเท่านั้น คุรุนาคารชุน ได้สถาปนาความ มั่นคงฝ่ายมหายานด้วยแนวคิดดังที่ได้กล่าวมาแล้ว ด้วย ปรัชญาปารามิตาหฤทัยสูตร พระสูตรสั้นๆแต่มีสาระสำคัญอันเป็นบ่อเกิดแห่งความมั่นคงของ มหายาน ในคัมภีร์มาธยมิกศาสตร์ ท่านคุรุนาคารชุนได้เริ่มปณามคาถาในต้นปกรณ์ว่า “ไม่มีความเกิดขึ้น ไม่มีความดับ ไม่มีความขาดสูญ ไม่มีความเที่ยงแท้ ไม่มีอรรถแต่อย่าง เดียว ไม่มีอรรถนานาประการ ไม่มีการมา ไม่มีการไป ท่านใดกล่าวไว้ เป็นปฏิจจสมุปบาท ธรรม ท่านผู้นั้นคือพระพุทธเจ้า ข้าขอนอบน้อม แด่พระพุทธเจ้าพระองค์นั้น ผู้ดับเสียได้ซึ่ง ปปัญจธรรมเป็นเลิศยิ่งกว่าวาทะทั้งหลาย”