• พระอุโบสถ
อุโบสถที่มีลักษณะแปลกไปจากพระอุโบสถโดยทั่วไป คือ อุโบสถวัดชนาธิปเฉลิม มีลักษณะ เป็นทรง 2 ชั้น ชั้นล่างก่ออิฐถือปูน ส่วนชั้นบนเป็นอาคารไม้ ด้านหน้าพระอุโบสถเป็นระเบียง มีบันไดทั้ง 2 ด้าน
พ.ศ. 2473 สร้างพระอุโบสถ ชั้นบนสำหรับประกอบพิธีกรรมของพระสงฆ์ ส่วนชั้นล่างใช้เป็นศาลาการเปรียญ ปัจจุบันได้บูรณปฏิสังขรณ์แล้ว สภาพเดิมที่ยังคงเหลืออยู่ คือ โครงสร้างของพระอุโบสถ และเสาบานหน้าต่างซึ่งแกะสลักรูปเครือเถา
• พระประธานในพระอุโบสถ (องค์ใหม่)
• พระประธานในพระอุโบสถ (องค์เดิม) ก่อนปี ๒๕๕๓ ประดิษฐานอยู่ชั้นบนของพระอุโบสถเป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๓๗ นิ้ว รูปแบบศิลปะสมัยสุโขทัย มีซุ้มเรือนะตุแบบเดียวกันกับพระพุทธชินราชหล่อด้วยสำริด พระเกศาเป็นสีดำ ประดิษฐานอยู่บนฐานชุกชีทรงสูง ออกแบบลวดลายเป็นดอกบัวสีทอง ประดับกระจกสีฟ้าและสีเขียวปีกแมลง ปัจจุบันทางวัดได้ดำเนินการหล่อพระประธานองค์ใหม่ซึ่งมีลักษณะสถาปัตยกรรมแบบเดียวกัน ได้นำมาประดิษฐานแทนองค์เดิม เมื่อวันที่ ๑๗ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๓ ส่วนพระประธานองค์เดิมนั้นได้อัญเชิญมาประดิษฐานไว้ในอาคารพิพิธภัณฑ์ภายในชั้นล่างของพระธาตุเจดีย์ศรีเมืองใต้
• พระเจดีย์ศรีเมืองใต้ ซึ่งได้ต้นแบบมาจากเจดีย์ในเมืองกุสินารา ประเทศอินเดีย
• หอระฆังเรือพระ ที่มีรูปแบบสถาปัตยกรรมท้องถิ่นภาคใต้