พระอาจารย์อินทร์ถวาย สันตุสสโก เกิดเมื่อวันที่ 27 เมษายน 2488 ตรงกับปีระกา ที่บ้านหนองแวง ตำบลหนองสูงใต้ อำเภอหนองสูง จังหวัดมุกดาหาร (จังหวัดนครพรมในขณะนั้น) โยมบิดาชื่อ คุณพ่อแดง โยมมารดาชื่อ คุณแม่จอมแก้ว ผิวขำ เป็นบุตรคนที่ 6 ในจำนวนพี่น้อง 7 คน เป็นหญิง 3 คน เป็นชาย 4 คน

ท่านบรรพชาขณะมีอายุ 11 ปี ณ วัดกลางสนาม อำเภอหนองสูง จังหวัดมุกดาหาร เมื่อปี พ.ศ. 2500 โดยมี หลวงปู่กงแก้ว ขันติโก เป็นพระอุปัชฌาย์ บรรพชาแล้ว ได้อยู่ศึกษาปฏิบัติธรรมกับหลวงปู่หล้า เขมปัตโต วัดบรรพตคีรี (ภูจ้อก้อ) ตำบลหนองตูมใต้ อำเภอหนองสูง จังหวัดมุกดาหาร เป็นระยะเวลา 9 ปี และได้รับการญํตติเป็นพระภิกษุที่วัดศิลาวิเวก อำเภอเมือง จังหวัด มุกดาหาร 

เมื่อปี พ.ศ. 2508 โดยมีหลวงปู่คำ คัมภีรญาโณ เป็นพระอุปัชฌาย์ เมื่ออุปสมบทแล้ว ในพรรษาแรกได้อยู่จำพรรษากับหลวงปู่หล้า เขมปัตโต ที่วัดภูจ้อก้อ อีกหนึ่งพรรษา หลังจากนั้น ได้ไปจำพรรษากับหลวงปู่จาม มหาปุญโญ ที่วัดป่าวิเวกวัฒนาราม บ้านห้วยทราย อำเภอคำชะอี จังหวัดมุกดาหาร 1 พรรษา แล้วติดตามองค์หลวงปู่จาม ขึ้นไปจังหวัดเชียงใหม่ และไปจำพรรษากับหลวงปู่แหวน สุจิณโณ ณ วัดดอยแม่ปั๋ง อำเภอพร้าว จังหวัดเชียงใหม่ เป็นเวลา 1 พรรษา แล้วกลับลงมาจำพรรษาอีกครั้งหนึ่งกับหลวงปู่จาม มหาปุญโญ ที่วัดป่าห้วยทราย อำเภอคำชะอี จังหวัดมุกดาหาร 

หลังจากนั้น ช่วงปี 2512-2525 ได้อยู่จำพรรษาที่วัดป่าบ้านตาด ตำบลบ้านตาด อำเภอเมือง จังหวัดอุดรธานี กับองค์หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน ช่วงออกพรรษา ได้ลงองค์หลวงตามาวิเวกในแถบจังหวัดเลย อุดรธานี หนองคาย 

ราว พ.ศ. 2523 เห็นว่าสถานที่ตั้งวัดป่านาคำน้อยในปัจจุบัน เป็นสถานที่สัปปายะเหมาะสำหรับการภาวนา จึงได้รวมกับคณะศรัทธาญาติโยม พุทธบริษัททุกหมู่เหล่าร่วมกัน จัดตั้งเป็นวัดปฏิบัติในพระพุทธศาสนา และได้พัฒนาให้มีความเจริญสืบเนื่องเป็นลำดับมา อำนวยประโยชน์สมตามปณิธานของท่านผู้ก่อตั้งวัด ที่จะให้สถานที่แห่งนี้เป็นสถานฝึกอบรมทั้งทางร่างกาย (ศีลธรรม) และจิตใจ (จริยธรรม) ให้เป็นผู้สมบูรณ์ทั้งทางด้านวิชชาและจรณะควบคู่กันไป สมตามพุทธภาษิตที่ว่า “อัตตานัง ทะมะยันติ ปัณฑิตา บัณฑิตย่อมฝึกซึ่งตน)