• พระอุโบสถ รูปทรงไทย ก่ออิฐถือปูน ขนาดกว้าง ๘.๓๐ เมตร ยาว ๒๑ เมตร สูง ๙ เมตร หลังคาทรงไทย ๓ ชั้น สร้างเมื่อ พ.ศ. ๒๔๘๓ สร้างเสร็จเมื่อ พ.ศ. ๒๔๘๘ อำนวยการสร้างโดย พระครูมานิตย์สมณวัตร (หลวงพ่อดำ นนฺทิโย) ได้สร้างแทนหลังเก่าซึ่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์ มีพระนามาภิไธยย่อ จปร. ที่หน้าจั่ว อันเนื่องมาจากตำนานได้กล่าวว่าพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๕) ทรงโปรดให้สร้างพระอุโบสถด้วยพระราชทรัพย์ส่วนพระองค์และได้ทรงพระราชทานพระปรมาภิไธยย่อ “จ.ป.ร.”
• พระพุทธรูปปางมารวิชัย สมัยเชียงแสน ( สิงห์หนึ่ง ) พระประธานในพระอุโบสถ เมื่อพ.ศ. ๒๔๔๘ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ เสด็จมาตรวจราชการ ทราบว่า พระอุโบสถของวัดมุจลินทวาปีวิหาร ยังไม่มีพระประธาน ทรงเป็นธุระในการแสวงหา ในที่สุดก็ได้นำพระพุทธรูปศิลปกรรมสมัยเชียงแสน มีขนาดหน้าตักกว้าง ๑ เมตร ๔ นิ้ว มีมากในอาณาจักรล้านนา ประมาณ พ.ศ. ๑๖๐๐ ซึ่ง พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ฯ อัญเชิญมาจากจังหวัด สุโขทัย ที่อยู่ตามระเบียงวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม จึงแจ้งมายัง พระยาเพชราภิบาล ฯ (พ่วง ณ สงขลา) ผู้ว่าราชการเมืองหนองจิกทราบ จึงมอบหมายให้ หลวงนรกิจกำจร ปลัดเมือง เดินทางไปรับโดยทางเรือ
• พระเจดีย์บรรจุพระบรมธาตุ พระเจดีย์ใหญ่รูประฆังคว่ำ แบบลังกา ก่อด้วยอิฐถือปูน ขนาดฐานกว้าง ๘ เมตร ยาว ๘ เมตร สูง ๑๕ เมตรคุณพระจีนคณานุรักษ์ คหบดีใหญ่เมืองตานี เป็นผู้สร้าง คุณพระจีนผู้นี้เป็นผู้อุปถัมภ์วัดมุจลินทวาปีวิหารมาโดยตลอดนับตั้งแต่ได้สร้างพระอุโบสถ เป็นต้นมา ต่อมาพระภิกษุแดงซึ่งเป็นพระธุดงค์ได้นำพระบรมธาตุจากประเทศพม่า มาบรรจุไว้ในพระเจดีย์องค์นี้เมื่อประมาณ ปี พ.ศ. ๒๔๔๘
• มณฑปหรือวิหารยอด สร้างเมื่อ พุทธศักราช ๒๕๐๗ เป็นศาลาจตุรมุข มียอดสูง กว้างด้านละ ๑๒ เมตร ยาวด้านละ ๑๒ เมตร สร้างในสมัย พระมุจลินทโมลี (หลวงพ่อดำ นนฺทิโย) เป็นเจ้าอาวาส เพื่อประดิษฐานรูปเหมือนของอดีตเจ้าอาวาส จึงมอบหมายให้ พระครูนิมมานกิจโกศล (หลวงพ่อเอี่ยม เขมโก) จำลองมาจากปราสาทพระราชวังบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งปัจจุบันได้ประดิษฐานรูปเหมือน หลวงพ่อทวดนวล , หลวงพ่อชุม , หลวงพ่อดำและหลวงพ่อเอี่ยม อดีตเจ้าอาวาสรูปที่ ๓ , ๔ , ๕ และรองเจ้าอาวาส รูปที่ ๕ ตามลำดับ เมื่อท่านมาเยี่ยมชมวัดมุจลินทวาปีวิหาร แล้วก็จะเห็นตั้งเด่นเป็นสง่าอยู่ด้านหน้าของวัด
• ศาลาจัตุรมุข เป็นหอพระพุทธอภัยมงคลสมังคีซึ่งเป็นพระพุทธรูปที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช รัชกาลที่ ๙ ได้ทรงพระราชทานแก่ชาวปัตตานีเพื่อได้สักการะบูชา เป็นที่พึง ทางใจ นายวิโรจน์ ราชรักษ์ อดีตผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานีได้ประชุมตกลงกับหัวหน้าส่วนราชการต่าง ๆ มีมติเห็นชอบให้สร้างหอพระ และได้นำพระพุทธรูปองค์นี้มาประดิษฐาน ไว้เมื่อวันที่ ๑๓ เมษายน ๒๕๒๙ และทางวัดพร้อมด้วย ข้าราชการ พ่อค้า ประชาชนจังหวัดปัตตานี ได้ร่วมใจอัญเชิญมาสรงน้ำในวันสงกรานต์ของทุกปี
