วัดพนัญเชิง เป็นวัดที่มีมาแต่โบราณก่อนการสร้างกรุงศรีอยุธยา ไม่ปรากฎหลักฐาน แน่ชัดว่าใครเป็นผู้สร้าง ตามหนังสือพงศาวดารเหนือกล่าวว่าพระเจ้าสายน้ำผึ้งเป็นผู้สร้างและพระ ราชทานนามว่า "วัดเจ้าพระนางเชิง"
   ในพงศาวดารฉบับหลวงประเสริฐกล่าวว่า แรกสถาปนาพระพุทธเจ้าพแนงเชิง พ.ศ.1867 ก่อนพระเจ้าอู่ทองสร้างกรุงศรีอยุธยา 26 ปี เป็นพระพุทธรูปขนาดใหญ่ หน้าตักกว้าง 14 เมตรเศษ สูง 19 เมตร เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นปางสมาธิ
   ในจดหมายเหตุของแคมเฟอร์ เขียนครั้งกรุงศรีอยุธยาว่าพระพุทธรูปองค์นี้เป็นของมอญ ในหนังสือภูมิสถานอยุธยา ว่าเป็นของพระเจ้าสามโปเตียน ซึ่งน่าจะเพี้ยนมาจากภาษาจีนว่า ซำปอกง แปลว่า รัตนตรัย ตามหลักฐานในประวัติศาสตร์ยังค้นไม่พบว่า กษัตริย์อโยธยาองค์ใดที่มีประนามว่าสามโปเตียน

   พระพุทธรูปองค์นี้ชาวจีนนับถือมากเรียกว่า ซำปอกง คนไทยเรียกทั่วไปว่า หลวงพ่อโต หรือ หลวงพ่อพนัญเชิง

   ในสมัยกรุงศรีอยุธยาปรากฎว่าสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงซ่อมครั้งหนึ่ง และต่อมาพระเจ้าแผ่นดินกรุงศรีอยุธยาคงจะซ่อมแซมกันต่อมาอีกหลายพระองค์ และเรียกกันว่า "วัดพระพแนงเชิง" บ้าง "วัดพระเจ้าแพนงเชิง" บ้าง

   ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระปฐมบรมราชจักรีวงศ์ได้ทรงปฎิสังขรณ์ และได้รับการบูรณะต่อมาหลายพระองค์ โดยเฉพาะพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดให้บูรณะใหม่ทั้งองค์ เมื่อปลาย พ.ศ. 2397 แล้วถวายพระนามพระพุทธรูปว่า "พระไตรรัตนายก"
   ในรัชกาลที่ 5 พ.ศ. 2444 เกิดเพลิงไหม้ผ้าห่มพระเจ้าพนัญเชิง ซ่อมแซมเสร็จเมื่อ พ.ศ. 2444 กรมศิลปากรได้ทำการซ่อมแซมอีก เมื่อ พ.ศ. 2494 พระพุทธรูปองค์นี้เป็นที่นับถือทั้งชาวไทยและชาวจีน

   ในพระราชพงศาวดารกล่าวว่า เมื่อกรุงศรีอยุธยาจะเสียแก่พม่าครั้งที่สองนั้น พระพุทธรูปองค์นี้มีน้ำพระเนตรไหลออกมาทั้งสองข้าง

   ในกลางเดือน 10 มีงานทิ้งกระจาดและงานนมัสการประจำปี