สำนักนายกรัฐมนตรี ได้ออกแถลงการณ์ ชี้แจงเรื่องการแต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช ว่าตามที่มหาเถรสมาคมซึ่งเป็นที่ประชุมสูงสุดของคณะสงฆ์ไทยตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ.2505 มีมติเมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม พ.ศ.2547 ให้แต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราช เพื่อบริหารกิจการคณะสงฆ์แทนสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ในระหว่างที่ประทับรักษาพระองค์ ณ โรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ โดยที่ยังมีผู้เข้าใจคลาดเคลื่อนเกี่ยวกับการแต่งตั้งคณะผู้ปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าว แม้รัฐบาลจะได้เคยชี้แจงมาแล้วก็ตาม รัฐบาลจึงขอชี้แจงเพื่อความเข้าใจอันถูกต้องอีกครั้งหนึ่ง ดังนี้

1.ในปัจจุบันสมเด็จพระญาณสังวร สถิต ณ วัดบวรนิเวศวิหาร ยังทรงดำรงตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก แต่เพียงพระองค์เดียวของประเทศไทย จึงขอให้ทุกฝ่ายถวายความเคารพและพระเกียรติอย่างสูงตามกฎหมาย ประเพณี และหลักศาสนปฏิบัติอันดีงามของพุทธศาสนิกชนชาวไทย

2.อย่างไรก็ตาม โดยที่สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชฯ มีพระชนมายุถึง 92 พรรษา อีกทั้งการที่ได้ทรงบริหารงานคณะสงฆ์และทรงบำเพ็ญศาสนกิจ อุทิศพระองค์ทรงตรากตรำเพื่อประโยชน์สุขของพุทธศาสนิกชนอย่างเคร่งครัดมาเป็นเวลานาน เป็นเหตุให้ในระยะหลังมานี้พระสุขภาพไม่สู้เป็นปกติ คณะแพทย์เคยรายงานว่าอาจมีพระอาการประชวรฉับพลันได้ ซึ่งน่าจะเป็นผลมาจากภูมิต้านทานของพระองค์ลดลงเนื่องจากพระชนมายุ และยังประชวรด้วยพระโรคที่เคยมีมาแต่เดิม แม้พระอาการจะไม่ถึงขนาดรุนแรงและยังทรงบำเพ็ญศาสนกิจบางอย่างได้เป็นปกติก็ตาม แต่บรรดาพุทธศาสนิกชนก็พากันห่วงใย เห็นว่าหากได้ทรงพักผ่อนและลดพระภาระในการปฏิบัติงาน ที่นับวันจะหนักมากขึ้น เช่น การปกครองและบัญชาการสังฆมณฑล การประชุมมหาเถรสมาคม ซึ่งต้องใช้เวลาเดือนละหลายครั้ง ครั้งละหลายชั่วโมง การแสดงไปทรงเปิดปิดการประชุมต่างๆ ซึ่งต้องมีพระดำรัสที่ยาว การรับผู้มาขอเฝ้าที่ต้องมีพระปฏิสันถารด้วยเป็นเวลานาน และการที่ต้องทรงพระอักษรและลงพระนามหรือต้องตัดสินพระทัยในเรื่องที่ยุ่งยาก เป็นต้น ก็น่าจะเป็นการดีต่อพระสุขภาพ

3.เดิมที่มหาเถรสมาคมได้มีมติเห็นควรให้แต่งตั้งสมเด็จพระราชาคณะรูปหนึ่ง เป็นผู้ปฏิบัติหน้าที่แทนสมเด็จพระสังฆราช ซึ่งก็ได้ทรงมีพระบัญชาว่า "ทราบและเห็นชอบ" เมื่อวันที่ 26 มกราคม 2547 ต่อมาการแต่งตั้งนั้นได้สิ้นสุดลงเพราะครบระยะเวลาที่กำหนด ต่อมาได้มีการแก้ไขกฎหมายคณะสงฆ์ มหาเถรสมาคมจึงอาศัยอำนาจตามมาตรา 10 แห่งพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ.2547 มหาเถรสมาคมมีมติเป็นเอกฉันท์ในการประชุมลับ เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม 2547 ให้แต่งตั้งผู้ปฏิบัติหน้าที่แทนสมเด็จพระสังฆราช เป็นคณะบุคคล เพื่อแบ่งเบาพระภาระ และเพื่อเป็นการรักษาพระเกียรติอีก สถานหนึ่งด้วยมิให้ผู้ใดนำพระลิขิต พระนาม หรือพระดำรัสไปแอบอ้างจนถึงความเสื่อมเสียต่อพระเกียรติดังที่เคยมีผู้กระทำมาแล้ว และกำลังอยู่ระหว่างการดำเนินคดี คณะผู้ปฏิบัติหน้าที่ดังกล่าว ประกอบด้วยสมเด็จพระราชาคณะ รวม 7 รูป จากพระอาราม 7 วัด โดยมีสมเด็จพระพุฒาจารย์ วัดสระเกศ ในฐานะผู้มีอาวุโสสูงสุดโดยสมณศักดิ์ทำหน้าที่ประธาน ซึ่งเรื่องนี้เป็นการพิจารณาของคณะสงฆ์โดยแท้ รัฐบาลมิได้เป็นผู้เสนอแต่อย่างใด และต่อไปมหาเถรสมาคมอาจชอบให้หมุนเวียนผู้ดำรงตำแหน่งประธานตามความจำเป็นก็ได้

4.การที่มีผู้บิดเบือนมาปัจจุบัน มีการเปลี่ยนแปลง สมเด็จพระสังฆราชแล้วก็ดี มีการบังอาจแต่งตั้งสมเด็จพระสังฆราชเสียเอง โดยล่วงละเมิด พระราชอำนาจไม่ถวายพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงลงพระปรมาภิไธย แต่งตั้งก็ดี มีสมเด็จพระสังฆราช สองพระองค์หรือหลายพระองค์ซ้อนกันในเวลาเดียวก็ดี จึงไม่เป็นความจริง แต่อย่างใด เพราะสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชฯ ยังทรงเป็นสมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ของประเทศไทยอยู่แต่พระองค์เดียว ส่วนสมเด็จพระราชาคณะรูปอื่นเป็นเพียง คณะกรรมการที่ทำหน้าที่แทนชั่วคราว และต้องปฏิบัติหน้าที่ในพระนามสมเด็จพระสังฆราชเท่านั้น การที่มีผู้ปฏิบัติหน้าที่แทนสมเด็จพระสังฆราช ในรูปของคณะประกอบด้วยสมเด็จพระราชาคณะทุกรูปที่สามารถปฏิบัติหน้าที่ได้ทั้งจากฝ่ายมหานิกาย และธรรมยุติกนิกายร่วมกันเช่นนี้ แสดงให้เห็นว่าเป็นการใช้อำนาจของคณะบุคคล มิใช่เป็นการใช้อำนาจโดยพระภิกษุรูปใดรูปหนึ่งหรือแต่งตั้งจากนิกายหนึ่งแต่ฝ่ายเดียวดังที่มีผู้อ้าง ในการนี้รัฐบาลขอยืนยันว่ากระบวนการดังกล่าวชอบด้วยกฎหมาย คณะสงฆ์ไทยโดยมหาเถรสมาคม อันเป็นองค์กรปกครองสูงสุดก็ได้เห็นว่าการปฏิบัติเช่นนี้ไม่ขัอต่อพระธรรมวินัยและโบราณประเพณี ซึ่งรัฐบาลได้นำความกราบบังคมทูลเพื่อทรงทราบฝ่าละอองธุลีรพระบาทตมที่กฎหมายกำหนดด้วยแล้ว จึงขอชี้แจงมาเพื่อความเข้าใจอันดีของพุทธศาสนิกชนทั้งหลายโดยทั่วกัน